Como personagem principal da série, Naruto normalmente tem um papel de destaque nos episódios. No início da história, Naruto se concentra em melhorar suas habilidades ninja e em alcançar seus próprios objetivos, enquanto os eventos principais ocorrem em outros locais. Após a invasão da Aldeia da Folha, Naruto tem contato com a Akatsuki, uma organização criminosa que tem como meta remover a Raposa de Nove Caudas de seu corpo. Mesmo depois que Jiraiya expulsa a gangue, as interações de Naruto com a Akatsuki se tornam um conflito central da história. Somente depois que Sasuke decide abandonar a Aldeia da Folha é que Naruto toma um papel de liderança no enredo, se juntando a um time ninja dedicado a impedir que Sasuke se alie às forças inimigas. Naruto e Sasuke posteriormente se enfrentam, mas não têm coragem de eliminar um ao outro. Os dois seguem seus próprios caminhos, mas Naruto não desiste de Sasuke e parte com Jiraiya em treinamento para se preparar para seu próximo encontro.

As posições de mão que Naruto faz para ativar clones da sombra

Após retornar do treinamento, Naruto passa a lidar mais diretamente com os ataques da Akatsuki. Ele consegue salvar Gaara e depois auxilia na queda de Kakuzu. Depois que descobre que Jiraiya foi morto por Pein, líder da Akatsuki, volta a treinar até conseguir derrotar todos os seis corpos de Pein e convencer Nagato, o Pein real, a deixar a Akatsuki. Naruto continua ainda a encontrar Sasuke e trazê-lo de volta. Ele e seu time conseguem localizá-lo, mas a rápida evolução de Sasuke o transforma em um oponente que o time não é capaz de enfrentar. Após descobrir que Sasuke se afiliou à Akatsuki e ter acesso à verdade sobre o passado do amigo, Naruto decide enfrentar Sasuke sozinho. Nos recentes capítulos do mangá, após a morte de Pain para a restauração da vida em Konoha, Uchiha Madara, que usa o codinome "Tobi" vai atras de Konan, a fim de descobrir onde esta o corpo de Nagato(Pain), a fim de obter os olhos do Rinnengan e ao encontrar o corpo diz que Nagato usou tanto seus poderes que "até os cabelos vermelhos, marca do clã Uzumaki, embranqueceram", deixando no ar uma questão de parentesco entre Pain e Naruto, apesar do Naruto ser loiro, sua mãe, Kushina, tinha os cabelos vermelhos, porque tanto a mãe de Nagato e Kushina eram parecidas, idênticas.

Missões Completadas

Segundo o DataBook 3,pág. 24, 25, Naruto completou:^[4]

• Rank D: 7
• Rank C: 2
• Rank B: 1
• Rank A: 6
• Rank S: 0

Níveis de Técnicas

Segundo o Databook 3 pág. 24, 25, Naruto Possui:^[4] Nota: As pontuações variam de 0 a 5.

• Ninjutsu: 4.0
• Taijutsu: 3.5
• Genjutsu: 2.0
• Inteligência: 3.0
• Força: 3.5
• Agilidade: 3.5
• Stamina: 5.0
• Selos: 1.5